Міністерство доходів і зборів України у своєму листі від 14.05.2013 р. № 2521/6/99-99-18-06-05-15 нагадує платникам податків про те, що відповідно до п. 2.3 Положення про документальне забезпечення записів у бухгалтерському обліку, затвердженого наказом Міністерства фінансів України від 24 травня 1995 року № 88 первинні документи, створені в електронному вигляді, застосовуються у бухгалтерському обліку за умови дотримання вимог законодавства про електронні документи та електронний документообіг.
Під час податкової перевірки відповідно до п. 85.2 ст. 85 Податкового кодексу України платник податків зобов'язаний надати посадовим (службовим) особам територіальних органів Міністерства доходів і зборів України у повному обсязі всі документи, що належать або пов'язані з предметом перевірки. Такий обов'язок виникає у платника податків після початку перевірки.
Міндоходів також зазначає, що перевірка цілісності електронного документа проводиться шляхом перевірки електронного цифрового підпису відповідно до ст. 12 Закону «Про електронні документи та електронний документообіг». Також звертає увагу на те, що згідно абз. 6 ст. 7 Закону «Про електронні документи та електронний документообіг» копією документа на папері для електронного документа є візуальне подання електронного документа на папері, яке засвідчене відповідно до Порядку засвідчення наявності електронного документа (електронних даних) на певний момент часу, затвердженого постановою КМУ від 26 травня 2004 року № 680.
Зважаючи на те, що пп. 139.1.9 п. 139.1 ст. 139 ПКУ передбачено, що витрати, не підтверджені відповідними розрахунковими, платіжними та іншими первинними документами, не включаються до складу витрат, Міндоходів робить висновок, що невиконання платником податку зазначених у законодавстві вимог до первинних документів та інших документів, пов'язаних з обчисленням та сплатою податків і зборів, що ведуться в електронному вигляді, необхідних для їх визнання територіальними органами Міністерства доходів і зборів України, є підставою для невизнання їх підтверджуючими документами такими органами.